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前言

在前面的一讲内容里(单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论)我们已经给大家介绍了细胞通讯的基本概念。本讲的内容主要是带领大家走一遍CellChat最基础的workflow，类似于我们学习Seurat时的“单样本分析”部分，旨在向大家介绍CellChat的基本语法、用法及功能。本次课程所涉及的代码、测试文件在公众号后台中回复“CellChat.P1”获取。后续的代码如果不出意外都会在西柚云中制作（https://www.xiyoucloud.net/aff/UPWEQQBD）。

时长超啦，完整视频直接去B站看吧：

Cellchat基础分析教程 实操

Cellchat基础分析代码结果一览：

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析

往期回顾

B站视频，先看一遍视频再去看推送操作，建议至少看三遍：

保姆级教程 《手把手教你做单细胞测序数据分析》

保姆级教程，代码部分整理在往期推送之中：

手把手教你做单细胞测序数据分析（一）——绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析（二）——各类输入文件读取

手把手教你做单细胞测序数据分析（三）——单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析（四）——多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释

手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化

手把手教你做单细胞测序数据分析（七）——基因集富集分析

上游fastq文件处理：

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：cellranger

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：dropseqRunner

其他单细胞相关技术贴也在这里：

细胞的数量由誰决定？

单细胞中应该如何做GSVA？

答读者问（三）：单细胞测序前景

答读者问（四）：如何分析细胞亚群

答读者问（六）：Seurat中如何让细胞听你指挥

答读者问（八）：为什么Read10X也会报错?

答读者问（十）整合后的表达矩阵，如何拆分出分组信息？

答读者问（十一）如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件？

单细胞文献阅读：

文献阅读系列（八）、不会吧不会吧，Nature都能白嫖？

文献阅读系列（十一）、高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱

文献阅读系列（十二）、IgAN & STRT-Seq

非技术帖：

关于单细胞的事 谈谈后面的计划

Biomamba助推的第一篇论文发表啦

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