CNCI数据上传教程
2024-07-24 00:00:40  阅读数 502

CNCB数据上传


CNCB(China National Center for Bioinformation,国家生物信息中心)

一、官方网址

https://www.cncb.ac.cn/

官网界面

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二、注册用户

点击Login,进入注册界面,如果你找不到,那么直接进入这个网址:https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub

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点击注册Register

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填写相关信息

如实填写即可(注:全部是英文填写,以及邮箱必须可以收到邮件,下一步需要验证)

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点击Submit以后,邮箱信息需要等待2-5分钟左右,我开始一直没收到信息,以为是邮箱错误。

等待以后,你将收到一下信息(邮箱),在24h内必须确认,否则视为无效、

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三、登陆

OK,到这步你的注册就结束完成了,你可以登陆你的账号


登陆界面

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四、上传数据

4.1 创建BioProject

4.1.1 创建

到这一步,你就可以创建你的BioProject文件,以及上传你的数据。

你可以查看BioProject教程

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在这里,我们可以看一下,我们需要填写的信息,以及最终别人可以看到的信息,我随机找了一个数据样本,如下图所示:

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提交数据

step one:

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进入以后,得到如下界面

我们在这里,首相创建一个BioProject项目

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进入BioProject,里面有帮助文档自信查看即可

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点击新建BioPrject,在这里可以修改相关信息,系统默认是你注册时的信息,修改后点击保存 并进入下一步

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接着需要填写提交者信息、基本信息、项目类型、出版信息等,总共五个步骤。


修改发布时间,最多只能延迟2年发布,这个得需要注意。

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03 项目类型

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05 概览 &提交

这里你可以看你的全部提交信息

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点击提交:

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提交以后的状态如上所示。

4.1.2 BioProject 发布和挂起

如用户需要提前发布BioProject信息 可 点击下图列表中 “立即发布Release Now))” 完成 提前释放(Status状态会变为 Checked OK Public)。此外,请注意当您BioProject关联的数据集发布后(包括GSA、GWH或是GVM数据集),与其关联的BioProject也将同时发布。

4.1.2 BioProject修改和删除

4.1.3 BioProject发布和挂起

-- 具体操作,请看教程:你可以查看BioProject教程


4.2 创建BioSample (多个生物学样本)

BioProject 是对研究项目的总体描述。一个BioProject可包含多个生物学样本(BioSample

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4.2.1 BioSample创建

查看生物样本数据库(BioSample)使用说明

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点击创建新建BioSample

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批量样本提交(Batch BioSamples)模式(推荐) 只要您一次性上传的样本数大于 1,建议您使用批量样本提交 Batch BioSamples 具体步骤如下:

  • 提交者信息 Submitter))—用于收集数据提交者信息 系统 会 帮您 自动 填入 用户注册时姓名和电子邮件信息, 如部分信息需要调整, 可直接修改并通过“ 保存并进入下一项( Save and forward))”键完成修改。

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在这里需要注意:在这里你有多个样本,进选择批量样本提取,并且选择前面你创建的项目编号

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  • 样本类型 Sample Type))—此页收集有关样本类型信息 。 若 BioProject包含不同类型样本类型( Sample type),您需要 进行 多次 创建 。

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  • 样本属性

这里需要填写execl表格

Plant.cn

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eg.例子

eg.Plant.cn

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4.2.2 单样本的提交

单样本目前基本用不到,基本都会有重复。如需要请自行看帮助文档

4.3 提交GSA数据(原始RNA-seq)

你可以看GSA的帮助文档,我们可以直接根据帮助文档里面的教程上传数据。其实在帮助文档中已经有非常详细的教程了

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根据信息依次填写,相关信息即可。


以下你需要填写相关的信息,我们在前面已经创建了BioProject和BioSample信息,在这里直接选择即可。

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填写元数据信息

详情信息请自行查看,比较多,也比较繁琐。

eg.GSA_Template.cn