生物信息学基础知识(三)
2024-04-09 18:11:01  阅读数 316

各语言生信包集合

一、Bioperl

perl

二、Bioconductor

R

三、Biopython

python

四、Bioconda

linux

五、Biojulia

julia

六、Rust-Bio

rust

七、SeqAn

C++

八、(Poly)merase

go

九、Biocaml

OCaml

数据工具

一、数据下载

ggd

sra_explorer

aspera

prefetch

wget

curl

axel

aria2

二、数据压缩及解压

gzip

bzip2

三、数据处理

linux三剑客:sed、grep、awk

BioNode

bioSyntax

CSVKit

csvtk

datamash

easy_qsub

GNU Parallel

grabix

gsort

tabix

zindex

wormtable

各软件、包的用法请参照官方文档,后续也会陆续总结。